云林县

        旭海溪：牡丹乡

        旗山溪

        高雄市

        林边溪：林边乡、佳冬乡

        龙溪：布袋镇

        新虎尾溪：麦寮乡、台西乡

        猫罗溪

        台东县

        大石盘溪（石盘溪）：枋山乡

        典宝溪：梓官区、楠梓区

        利嘉溪：台东市

        大湖口溪

        洋子溪（洋仔厝溪）：鹿港镇

        鱼寮溪：大城乡

        刣牛溪：恆春镇

        八掌溪：嘉义县布袋镇、台南市北门区

        菜寮溪

        二仁溪：南区、高雄市茄萣区

        枋山溪：枋山乡

        太平溪：台东市

        安良港大排（南势溪）：清水区

        浊水溪：彰化县大城乡、云林县麦寮乡

        南势湖溪：枋山乡

        浊水溪：大城乡、云林县麦寮乡

        社口溪

        将军溪：北门区、将军区

        枫港溪：枋山乡

        白水溪

        三叠溪

        七溪：七区

        东港溪：新园乡、东港镇

        宝来溪

        水里溪

        旧浊水溪：福兴乡

        北港溪：云林县口湖乡、嘉义县东石乡

        九棚溪：满州乡

        率芒溪（士文溪）：枋寮乡、枋山乡

        屏东县

        阿公店溪：永安区、弥陀区

        南湖溪

        十里溪：枋寮乡（地图未标示）

        鹿野溪

        郡大溪

        牛挑湾溪：口湖乡

        竹坑溪：枋山乡、车城乡

        前镇河：前镇区

        眉溪

        合欢溪

        港子溪：满州乡

        达仁溪：达仁乡

        鹿寮溪：满州乡

        爱河：鼓山区、苓雅区

        高屏溪：高雄市林园区、屏东县新园乡

        急水溪：北门区

        彰化县

        溪仔口溪：满州乡

        乾溪：牡丹乡

        知本溪：太麻里乡、台东市

        丹大溪

        朝庸溪：大武乡

        员林大排：鹿港镇、福兴乡

        大竹溪：大武乡、太麻里乡

        狮子溪：枋山乡

        内寮溪：枋寮乡

        无水溪：满州乡

        后堀溪

        埤日溪：满州乡

        大溪：牡丹乡

        后港溪：芳苑乡

        拉布拉溪：太麻里乡

        嘉义县

        加走寮溪

        清水大排水沟（米粉寮溪）：清水区

        清水溪

        后劲溪：楠梓区

        卡社溪

        卑南溪：台东市

        七里溪：枋山乡

        盐水溪：安南区、安平区

        高屏溪：林园区、屏东县新园乡

        乌万溪（大鸟溪）：大武乡

        金崙溪：太麻里乡

        台南市

        乌溪：台中市龙井区、彰化县伸港乡

        前溪

        津林溪（加津林溪）：大武乡

        大武溪：大武乡

        美溪

        万丈深坑溪：满州乡

        二林溪：芳苑乡

        八掌溪：布袋镇、台南市北门区

        二仁溪：台南市南区、高雄市茄萣区

        南仁鬱溪：满州乡

        太麻里溪：太麻里乡

        保力溪：车城乡

        重溪

        四重溪：车城乡

        安朔溪：达仁乡、大武乡

        南港溪

        文里溪（北太麻里溪）：太麻里乡

        番雅沟：线西乡、鹿港镇

        荖溪

        塔瓦溪：屏东县牡丹乡、台东县达仁乡

        万大溪

        拉库音溪

        浊口溪

        石牛溪：恆春镇

        隘寮溪

        社皆坑溪：车城乡

        汉宝溪：福兴乡、芳苑乡

        乌溪：龙井区、彰化县伸港乡

        北港溪：口湖乡、嘉义县东石乡

        塔瓦溪：牡丹乡、台东县达仁乡

        港口溪：满州乡

        南兴溪：大武乡

        志乐溪

        陈有兰溪

        鹿耳门溪：安南区

        旧虎尾溪：台西乡、四湖乡

        曾文溪：七区、安南区

区

        朴子溪：东石乡